2017年7月7日 星期五

細胞週期系列之一 — 何謂細胞週期(The Cell Cycle)?


細胞週期系列之一    何謂細胞週期(The Cell Cycle)

體細胞有絲分裂(Mitosis)一次的時間。

一、      分為四期:

(1)   第一間期(Gap 1 (G1) phase)為細胞生長期,此時細胞代謝旺盛,複製細胞分裂相關的胞器;

(2)  合成期(Synthesis (S) phase)進行複製DNA的時期;

(3)  第二間期(Gap 2 (G2) phase)此時細胞已具有兩倍(4n)的遺傳物質,並為有絲分裂期做準備。

(4)  有絲分裂期(Mitosis (M) phase)進行細胞核分裂(染色體由4n2n)及細胞質分裂的時期。

※大多數的神經元以及骨骼肌、心肌細胞於出生後會進入G0 phase,為細胞停止分裂的時期。




01. 細胞週期的分期,分為G1SG2M四期。M期即分裂期,在圖01.M期所畫的時間太長,於第二點時會解釋。


二、 G1SG2 phases合稱為細胞間期(Interphase)M phase有絲分裂期

為何圖01所畫的M期時間太長?

1. 細胞間期時遺傳物質是以染色質(chromatin)的形式存在,在染色質的形式,其中的基因能夠表現形成蛋白質,以維持細胞正常的新陳代謝。

2. 有絲分裂期時遺傳物質是以染色體(chromosome)的形式存在,而在染色體的形式時,其中的基因是無法表現形成蛋白質。所以細胞分裂時存在於有絲分裂期(M)的時間理當是越短越好。

3. 『動植物細胞的細胞周期大約20小時左右,其中細胞間期占的時間比較長,約需1819小時,此時期最重要的變化為去氧核醣核酸的複製。』-----此段話摘自20022月號第350期科學發展月刊《揭開細胞周期的奧秘—癌症治療的新希望》 p.54



02. 細胞週期的分期。此圖有絲分裂(Mitosis)所佔的時間(黃色部分),與事實較相符合。

Cytokinesis細胞質分裂

圖片來源:


三、細胞週期的進行受到精確的調控,此為下一篇BLOG的主題,先提及部分重要觀念。

    2001年諾貝爾生理醫學獎得主之一美國的利蘭.哈特威爾(Leland Hartwell)提出「檢查點(checkpoint)」的觀念,認為細胞週期中有一些特定的關鍵時期(檢查點),細胞分裂到檢查點時,必須符合某些特定的條件,細胞週期才會繼續,如此可確保細胞週期進行之正確無誤。

    在真核細胞的細胞週期中,有三個檢查點:

(1)    G1 checkpoint(又稱為限制點,Restriction Point),在G1 phase晚期,進入S phase前,主要檢查細胞的大小、營養狀態、生長因子、和DNA是否有損傷;

(2)    G2 checkpoint,第二個檢查點在G2 phase晚期,就是進入M phase前,主要檢查細胞的大小和DNA是否複製完全;

(3)    M Checkpoint (Spindle assembly checkpoint),第三個檢查點在M phase的過程中,主要是檢查染色體的排列,染色體的中央節(centromere)是否附著於紡錘絲(Mitotic Spindle)上。




03. 細胞週期具有三個檢查點。(The cell cycle is controlled at three checkpoints.)






04. 細胞週期三個檢查點檢查的主要項目。





2017年6月23日 星期五

細胞內精巧的運輸構造—囊泡(vesicles)


      細胞內精巧的運輸構造—囊泡(Vesicles)

    人體約有兩百多種的細胞組成,細胞各司不同的功能,因而必須製造出各式各樣的分子來因應所需,例如激素(hormones)、神經傳導物質(neurotransmitters)、酵素(enzymes)、細胞激素(cytokines)等。

    這些分子都必須在正確的時間製造,運輸到細胞內正確的位置適時的胞泌(Exocytosis)到細胞外。而囊泡(Vesicles)就是細胞中負責傳遞運送這些分子的精巧胞器。


表一、1999年以及2013諾貝爾生理醫學獎得主的貢獻,都跟細胞內的囊泡(Vesicles)有關。

    
     
           
1999
根特.布洛貝爾(Gunter Blobel)
發現核醣體合成的蛋白質都各有自己的宿命,而這些蛋白質究竟要到溶素()體、細胞膜或分泌小泡,主要是由高爾基體分配決定,然後由囊泡運送。
2013
蘭迪•謝克曼
(Randy W.Schekman)
詹姆斯•羅斯曼
(James E.Rothman)
馬斯•聚德霍夫
(Thomas C.Sudhof)
發現一系列囊泡運輸的調節基因。

闡明囊泡與目標胞器進行融合的蛋白質複合體以及作用的機制。
揭示指囊泡精確釋放貨物的信號機制。

       
    1999年獨得諾貝爾生理醫學獎的根特.布洛貝爾(Gunter Blobel),他發現核醣體合成的蛋白質都各有自己的宿命(destination),而這些蛋白質究竟是要到溶素()(Lysosome)中、細胞膜(cell membrane)上或形成分泌囊泡(secretory vesicles)分泌到細胞外,主要是由高爾基體分配(sorting)決定,然後再經由囊泡來運輸至定位。

高爾基體主要功能—包裝(packaging)及分配(sorting)
※高爾基體好比細胞中的『郵局』,而囊泡好比細胞中的『郵差』。

    布洛貝爾為了讓大家易懂,特地以每種蛋白質都有自己的郵遞區號(area codes)來表示,形容得相當貼切。之後也有人以細胞內的宅急便,來形容此細胞內的分配現象。





01. 粗糙型內質網(RER)上的核醣體合成之蛋白質,經平滑型內質網(SER),再送到高基氏體(Golgi Complex)形成溶體(Lysosome),或產生分泌囊泡(Secretory Vesicles) ,蛋白質如何在正確的時間形成?加工後之蛋白質又如何運輸至正確地點?拜這些傑出科學家之賜,分配調節的機制現今已有相當程度的了解。






02. 1999年諾貝爾生理醫學獎得主,根特.布洛貝爾(Gunter Blobel)發現,細胞中核醣體合成的蛋白質,都有其宿命(Destinations)






03. 布洛貝爾提出訊號胜假說(Signal peptide hypothesis),用以解釋核糖體(Ribosome)合成的蛋白質,如何進入內質網管腔(ER lumen,圖下方藍色部分)。內質網將蛋白質進行初級糖化等步驟後,再送入高爾基氏體經次級糖化、磷酸化等加工步驟後,各有不同的宿命(Destinations)分配到:

1形成分泌囊泡(secretion)

2回到細胞核中(nucleus)

3進入粒線體中(mitochondria)

4植物細胞也可能分配到葉綠體中(choloroplasts)

5到細胞膜中(cell membrane)

6到細胞質中(cytoplasm)

等等(etc)


    2013年諾貝爾生理及醫學獎得主這三位獲獎的細胞學家發現了這些「囊泡」是如何在正確的時間運輸到正確地點的機制。

1. 蘭迪•謝克曼發現一系列囊泡運輸的調節基因。

(discovered a set of genes that were required for vesicle traffic.)





04. 2013年諾貝爾生理醫學獎得主之一蘭迪•謝克曼(Randy W.Schekman)研究酵母菌的突變種,發現調節囊泡運輸的一系列關鍵基因以及基因表現的相關蛋白質(Sec61 translocation complex COPII vesicle coat complex etc)






05. 2013年諾貝爾生理醫學獎三位得主,研究細胞囊泡傳輸機制。


2. 詹姆斯•羅斯曼發現了負責接受囊泡的蛋白複合體(SNARE蛋白等)闡明囊泡與目標進行融合、使分子得以運轉的蛋白質機制。運達目的地之後,需要一個識別代碼,保證囊泡在正確的碼頭卸貨,而囊泡內的貨物(cargo)能送達正確的「宿命」,這就是這些蛋白複合體的功能

(unravelled protein machinery that allows vesicles to fuse with their targets to permit transfer of cargo.)




06. 此圖是SNARE蛋白與囊泡(vesicles)在胞泌作用時相互作用的全部過程。

(1)(5)SNARE蛋白複合體→組合(assembly)→鍊合(zippering) →分離(disassembly)之過程。

SNARE蛋白是SNAP (Soluble NSF Attachment Protein) Receptor的縮寫,在酵母菌最少有24SNARE蛋白;在哺乳動物超過60種。SNARE蛋白的主要功能是,調節囊泡與標的物膜的融合。


3. 托馬斯•聚德霍夫則揭示了指囊泡確釋放貨物的信號機制。

突觸傳導(Synaptic Transmission)是大腦活動的基本組成,決定了大腦的功能及作用。聚德霍夫最終成功地識別出突觸傳導的精確機制,以及所涉及的各組蛋白質,揭示它們在神經訊息傳遞扮演的角色。

(revealed how signals instruct vesicles to release their cargo with precision.)





07. 2013年諾貝爾生理醫學獎得主之詹姆斯•羅斯曼(James E.Rothman)

以及托馬斯•聚德霍夫(Thomas C.Sudhof)之貢獻。






08. 神經元(Neuron)的的螢光顯微鏡照片。

細胞本體(Soma);一個神經元軸突(Axon)僅有一條;樹突(Dendrites)可以有許多條。






09. 神經元之間,軸突末梢(Axonal terminal);突觸間隙(Synaptic cleft);樹突(Dendrite)三者之間的互動關係。

1動作電位到達軸突末梢(Action Potential Arrival)

2軸突末梢電壓調節的鈣通道開啟(Voltage-gated Ca+2 channel open)

3含神經傳導物質的胞囊胞泌作用(Synaptic vesicle with neurotransmitter exocytosis)

4神經傳導物質與突觸後細胞膜的接受器結合(neurotransmitter bind with postsynaptic membrane receptor)

以上為馬斯•聚德霍夫(Thomas C.Sudhof)研究的一個大概,實際上的步驟要比這複雜許多。(e.g., RIMs, α-liprins, ELKS's, RIM-BPs, Piccolo/Bassoon, and Munc13's)


參考資料:

1. Budding Vesicles in Living Cells

James E. Rothman & Lelio Orci

Scientific American march 1996

2.  Fantastic vesicle traffic



YOUTUBE DOWNLOAD之囊泡在植物根毛中的移動的螢光攝影,螢光攝影的時間很短,大約只有一兩秒鐘,彌足珍貴。

3. Directing TrafficHow Vesicles Transport Cargo


此文章中有三段螢光攝影影片,可動態觀賞胞泌作用(Exocytosis);細胞內囊泡之移動…


2017年1月2日 星期一

恐龍系列之十一:始祖鳥(Archaeopteryx) 01-02-2017

恐龍系列之十一:始祖鳥(Archaeopteryx)

    始祖鳥的第一個化石標本,1860年發現於德國索倫霍芬地區(Solnofen),當地是屬於侏羅紀晚期,沉積的石灰岩(limestone)地層。到2016年底,又再陸續發現的11個始祖鳥化石標本,也都是在索倫霍芬附近的石灰岩中獲得。

01. 整個德國索倫霍芬地區(Solnofen),都被侏儸紀晚期的石灰岩所覆蓋。一百多年來,一直都有保存良好的化石標本陸續出土。
    始祖鳥於1861年被正式命名,Archaeopteryx的英文意思是「ancient wings」意為「古代的翅膀」。
    150年來,始祖鳥一直被古生物學家認為是鳥類的祖先。但是自從1996以來,在中國東北,帶羽毛的小型獸足類恐龍(Theropods),陸陸續續的被發現。包括中華龍鳥屬(Sinosauropteryx)、中國鳥龍屬(Sinornithosaurus)、北票龍屬(Beipiaosaurus)、小盜龍屬(Microraptor)、近鳥龍屬(Anchiornis)、曉廷龍屬(Xiaotingia)…等,這些帶羽毛恐龍的骨骼架構,與現在的鳥類相似;但身體覆蓋的羽毛構造,則與現在的鳥類相異。由於中國東北跟德國索倫霍芬地區距離非常遙遠,而且東北發現這些帶毛恐龍的地質年代,也與德國發現始祖鳥的地質年代不相同。因此,古生物學家認為:小型獸足類恐龍羽毛的形成,應該是演化上一個共同的趨勢。
    同時古生物學家也區分出來:
(1)    有些小型獸足類恐龍形成羽毛,只是為了保暖。
(2)    有些小型獸足類恐龍形成羽毛,才是與滑行或飛翔有關。
    相互比較始祖鳥與中國東北帶毛恐龍的化石標本之後,以下的問題就浮上了檯面:究竟,始祖鳥屬於原始的鳥類?還是屬於小型獸足類的恐龍?這個問題,一直到今天,仍是眾說紛紜,爭議不休!試舉例如下:
(1)    200485英國發行,第一流的綜合科學期刊《自然》《Nature刊登一篇研究報告,以電腦斷層(CT)掃描、X-射線透視等技術研究倫敦的始祖鳥化石標本。得到結論是:始祖鳥的腦不像恐龍,牠像一顆真正的「鳥腦」,因為具有巨大的前腦,而發達的前腦,是整合飛行時的體感覺所必需。
(2)    2011728日發行的《自然》期刊上刊登了中國中科院古脊椎動物與古人類研究所研究員徐星等人的研究報告他們利用最新的系統發育學分析認為始祖鳥是屬於早期獸足類群的恐爪龍類(Deinonychus class)而不是屬於古鳥類。
    (1)認為始祖鳥似鳥類;(2)認為始祖鳥似恐龍。像這樣有爭議的實例還有很多。因此始祖鳥的演化地位到底是如何呢?150年的時光過去了,似乎還沒看見曙光


02. 始祖鳥具有一些像似爬行類的特徵(藍色),以及一些像似鳥類的特徵(紅色)。所以,始祖鳥是爬行類和鳥類之間的過渡型動物(Transition Animal)

始祖鳥與帶羽毛的恐龍共同的特徵是:
1.兩翼尖端各有三爪。
2.口的上下顎具有細小尖銳的牙齒。
3.尾巴具有很長的脊椎骨。(請見圖03.的說明)
始祖鳥與現代鳥類相同的特徵是:
1.全身被覆著羽毛。
2. 翼上長滿郭羽。
3. 後肢3趾向前,拇趾向後→方便抓握樹枝。
    較早期,認為始祖鳥具有發達而不對稱的飛羽,所以可能會飛(Feduccia, 1979),但是,始祖鳥肩帶是側向的,所以可能只會滑翔(Senter, 2006至今議論紛紛,仍難有定論
    比始祖鳥進步的鳥類具有尾綜骨(Pygostyle),稱為尾綜骨鳥類(Pygostylia)。像是孔子鳥類(Confuciusornis),就是最早形成角質喙(口內已無牙齒)和尾綜骨的古鳥。


03.始祖鳥(Archaeopteryx)具有很長的尾巴,尾椎清楚的分節,沒有融合在一起的現象(下圖)。上圖鴿子(Pigeon)代表現代的鳥類,尾巴很短而尾椎融合→形成尾綜骨(Pygostyle)


04. 2016年底,總共發現十二具始祖鳥的化石標本。此圖展現較早發現的8具。圖上方為發現或保存的地方名稱。
始祖鳥的第11具化石標本,是屬於私人擁有,至今尚未命名。第12具的始祖鳥化石標本,於2010年發現,2014年對外公布,至今尚未做科學性的描述。
04.左邊數來第六個標本,其實一樣是在德國發現,之所以稱為倫敦標本(London specimen))的原因,是因為現今保存在倫敦的自然歷史博物館。



05. 始祖鳥的一些基本資料
此圖標示始祖鳥的重量0.81.0公斤。可是也有許多資料認為始祖鳥的重量是~0.5公斤
始祖鳥的長度(Length)50公分,體型大小相當於現今的喜鵲(=客鳥)
    獸足類恐龍(Theropods)在往鳥類演化的過程中,體型呈現越來越小的趨勢。演化至耀龍時,體重僅有約164公克;演化至曉廷龍時,體重僅有約800公克,兩者都不到1公斤。目的顯然是體型變小、體重減輕→容易起飛騰空。


06. 獸足類恐龍(Theropods)在往鳥類演化的過程中,體型(body size)呈現越來越小的趨勢(Trend of decreasing body size)
圖的上方可看到非鳥類獸足類恐龍,未能通過白堊紀-第三紀的第五次大滅絕(Non-avian theropods go extinct at the end of the Cretaceous.),只有鳥類得以存活而且種類重新擴散(Birds survive and re-radiate.)
Tyrannosaurs暴龍、Compsognathids美頷龍、Ornithomimosaurs似鳥龍、
Alvarezsaurs阿佛瑞茲龍、Therizinosaur鐮刀龍、Oviraptorsaurs竊蛋龍、

Dromaeosaurs()龍、Troodontids傷齒龍、Epidexipteryx耀龍、Auromis      Xiaotingia曉廷龍、Anchiornis近鳥龍、Archaeopteryx始祖鳥